Durante las últimas décadas, la ciencia y la tecnología de los alimentos han contribuido a la introducción de nuevos productos con el objetivo de responder a las demandas nutricionales, socio-económicas y de calidad. Con la moderna genética molecular, la importancia industrial de Saccharomyces Cerevisiae ha seguido creciendo. La demanda de cepas genéticamente modificadas (GM) de S. Cerevisiae para la industria de las bebidas, de la panificación o para la elaboración de productos biotecnológicos (por ejemplo enzimas o productos farmacéuticos) seguirá creciendo en el futuro. En los últimos años se han obtenido numerosas cepas enológicas especializadas de S. Cerevisiae, que presentan nuevas propiedades enológicas capaces de satisfacer las necesidades derivadas de las modernas prácticas de vinificación. La comprensión de las complejidades del transcriptoma, proteoma y metaboloma dará un empuje decisiva al conocimiento de la composición genética de las cepas enológicas comerciales e influirá en las mejoras genéticas obtenidas mediante la ingeniería genética. En este artículo se discuten los progresos más importantes relativos a las implicaciones del uso de cepas GM en la industria enológica. Han sido considerados diversos aspectos, incluidas las estrategias utilizadas para la construcción de cepas según las leyes en vigor, la evaluación de los riesgos medioambientales relativos a las cepas GM, los métodos de determinación del DNA recombinante y de las proteínas y las razones de la actitud negativa de los consumidores hacia el uso de tales cepas.