Les plantes sont étroitement liées au microbiote présent dans le continuum sol-rhizosphère-racine.
Ces micro-organismes sont impliqués dans le cycle de certains éléments minéraux et contribuent à la nutrition des plantes et à leur protection contre les stress abiotiques et biotiques.
À ce jour, on connaît peu l'impact des stress abiotiques, tels que la sécheresse, sur le microbiome associé à la culture de la vigne.
Dans ce travail, l'effet du déficit hydrique sur la composition du microbiome fongique de la racine (endosphère), de la rhizosphère et du sol a été étudié en utilisant la technologie de séquençage des amplicons ITS2.
Trois régimes d'irrigation (100 %, 50 % et 25 % de la capacité au champ (CF)) ont été imposés à des boutures de porte-greffe SO4 enracinées maintenues dans des pots avec du sol naturel provenant d'une pépinière commerciale de vignobles. 6 et 12 mois après la mise en place des régimes d'irrigation, des échantillons de racines, de rhizosphère et de sol ont été prélevés pour une analyse ultérieure de séquençage par amplicon de masse. La diversité et la richesse des communautés fongiques étaient plus élevées dans le sol et la rhizosphère que dans la racine, quel que soit le régime d'irrigation.
Un déficit hydrique sévère (25 %) a réduit de manière significative la diversité du microbiome fongique dans les trois compartiments par rapport au régime sans déficit hydrique (100 %), la racine présentant les plus grandes différences aux deux moments d'échantillonnage.
Après une irrigation à 25 % de la capacité du champ, on a observé une réduction de l'abondance des champignons associés à la jambe noire (maladie du bois de la vigne) et des agents de biocontrôle potentiels du genre Trichoderma, ainsi qu'un enrichissement en champignons mycorhiziens à arbuscules (AMF) du genre Funneliformis.
Ces résultats suggèrent que des taxons spécifiques tels que les AMF pourraient contribuer à une augmentation de la résilience de la vigne à des conditions environnementales extrêmes. Ce travail a été réalisé par le groupe BIOVITIS de l'Institut des Sciences, de la Vigne et du Vin (ICVV-Espagne) en collaboration avec l'Université de la République (Uruguay) et l'Université de Mendel (République tchèque).
Les résultats de cette étude ont été publiés dans le Journal of Fungi : M.J. Carbone, S. Alaniz, P. Mondino, M. Gelabert, A. Eichmeier, D. Tekielska, R. Bujanda, D. Gramaje. 2021. Drought influences fungal community dynamics in the grapevine rhizosphere and root microbiome . Journal of Fungi 7:686.
Source : ICVV
