Détection et identification rapides des levures dans le moût et le vin par la cytométrie en flux et la méthode fish

La cytométrie en flux (FC) peut être considérée comme une méthode utile pour le contrôle de la qualité microbiologique dans les chais, ainsi que pour l'étude des dynamiques de croissance de microorganismes dans le vin. Elle offre un certain nombre d'avantages, parmi lesquels la rapidité (et une détection concomitante de centaines de cellules individuelles), la grande précision, les mesures simultanées de paramètres cellulaires multiples, la possibilité de détection de la présence de populations hétérogènes, la préservation de la viabilité de la cellule et des fonctions cellulaires, et la facilité d'usage. 

Dans ce travail, les auteurs ont adapté les protocoles précédents d'hybridation in situ en fluorescence (FISH) pour les levures à la FC, en optimisant, au même temps, un protocole pour le liquide d'hybridation. 

Pour cela, ils ont utilisé des sondes d'oligonucléotides fluorescents ciblant la zone D1/D2 de la séquence 26S de l'ARNr de différentes espèces de levures connues pour leur implication dans la vinification, telles que Saccharomyces cerevisae et Brettanomyces bruxellensis. L'objectif consistait à appliquer les sondes FISH propres à l'espèce sur des échantillons de vinification. Pour atteindre cet objectif, nous avons développé une méthode optimisée pour la détection et l'identification de levures dans les moûts et les vins par FCM et par microscopie à épifluorescence.