(Note Infowine: cet article fait références à des notions assez pointues de génétique. Plusieurs parties restent toutefois à la portée du plus grand nombre) La fermentation du vin était traditionnellement réalisée de façon spontanée par des levures indigènes, soit présentes sur les raisins au moment de la récolte, soit introduites par l’équipement et le chai au cours du processus de vinification. Les recherches actuelles s’accordent toutes sur le fait que les espèces prédominantes rencontrées sur des raisins sains sont des levures apiculées telles que Hanseniaspora uvarum (et sa forme anamorphe Kloeckera apiculata) ou des espèces oxydatives telles que Candida, Pichia, Kluyveromyces and Rhodotorula. Les espèces fermentaires du genre Saccharomyces, notamment les Saccharomyces cerevisiae, n’apparaissent au contraire qu’en très petit nombre sur les baies saines en bon état et dans les sols. On pense qu’à l’inverse les baies abîmées sont une importante source de S. cerevisiae. La prévalence des souches appartenant à cette espèce là est bien documentée parmi la flore indigène des caves. La flore levurienne des raisins dépend de facteurs nombreux et variés, tels que les conditions climatiques (température et hauteur des précipitations comprises), la localisation géographique du vignoble, les applications d’antifongiques, le cépage, l’âge du vignoble, ou encore le type de sol. Plusieurs recensements écologiques, réalisés avec des méthodes d’identification moléculaire, font état d’une grande diversité de profils génétiques au sein de la flore fermentaire œnologique. Les souches de S. cerevisiae semblent être largement répandues dans une région viticole donnée et peuvent être rencontrées d’une année sur l’autre. En outre, l’existence de souches de S. cerevisiae prédominantes dans la flore de fermentation, vient soutenir l’hypothèse selon laquelle des souches indigènes spécifiques peuvent être associées avec un terroir spécifique.

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